冷藏集裝箱包裝前的準備：根據不同的易腐貨物，確認以下項目：理想的溫度設置；新風換氣率設置；相對濕度設置；總運輸時間；貨物體積；使用的包裝材料和包裝尺寸；所需文件和文件等。
包裝前和裝載過程中應注意：設定溫度應正確；設定的新風換氣率應正確；設定的相對濕度應正確；包裝時制冷系統應停止工作；箱內堆放的貨物應低于紅色載重線，且不得超過T型槽的垂直面；箱內堆放的貨物應牢固、牢固；堆放在箱內的貨物總重量不得超過冷箱的允許承載能力；冷藏集裝箱裝載后的總重量（包括設備的重量）不得超過運輸過程中通過國的重量限制。
冷藏集裝箱商品通常，冷藏貨物可以分成兩種：冷藏和冷凍
許多冷藏貨物（例如水果）被視為是“活性（live）”貨物，因為其在采摘過后仍然能夠進行呼吸并且由于自熱、早熟、干燥（萎蔫和枯萎）和其他條件而容易腐爛。

冷藏集裝箱架構都是由鍍鋅鋼制作而成的，集裝箱內部是由復合板和鋁板想結合的具有非常好的隔熱效果，能夠保存好集裝箱內部的冷氣。冷藏集裝箱內部的溫度按照國際慣例是在-30度到12度，如果運輸的是肉質食品可以將溫度調低冰凍起來，如果運輸的是水果之類的溫度不能太控制在5度上下即可。

冷藏集裝箱的一些貨物可能要求濕度控制或者大量的新鮮空氣（比如球莖花卉）。應當注意大多數冷凍裝置*能夠減少濕度，并且這取決于所提供的新鮮空氣的數量。人工氣調儲藏運輸的貨物需要使用能夠利用氮和二氧化碳替代氧氣水平的用途的集裝箱，來延長已采摘的產品的保質期。這種方法適用于許多有核和無核水果，但要求具備的知識來確定適宜的氣體濃度水平。

在使用冷藏集裝箱的時候如果是長距離運輸，那么箱內的溫度差不能超過3度，這樣才可以保證箱內的溫度保持在一個恒溫的狀態。如果是運輸新鮮的水果或者是蔬菜，那么要及時打開新風口，可以進行通氣。